ob-jupyter Python Julia 环境变量设置

Posted: 2020-11-20 Updated: 2020-12-10

ob-jupyter 是 emacs-jupyter 的一个 Org-mode 插件，jupyter 作为后端，org-mode 作为前端将计算结果归档到 org 文件里，非常灵活方便。两者结合使用时，这里记录一下我踩过的坑。

C-c C-c 执行 Org Babel 代码块时找不到 jupyter?

Error retrieving kernelspecs: (error "Can’t obtain kernelspecs from jupyter shell command")
...
org-babel-execute-src-block: No org-babel-execute function for jupyter-julia!

ob-jupyter 在初始化时会在 PATH 中寻找 jupyter 命令去执行，同时根据 kernelspecs 返回内核 LANG 信息，创建 org-bable-execute:jupyter-LANG 方法。

我在本地使用了 pyenv + miniconda 来隔离 python 运行环境，pyenv global version 设置的是 miniconda， jupyter 相关库安装在 conda 创建的虚拟环境中。

这里我需要先执行一下以下代码

#+begin_src emacs-lisp
  (conda-env-activate "PYTHON-VIRTUAL-ENV") ; 激活 python 虚拟环境
  (org-babel-jupyter-aliases-from-kernelspecs t) ; 刷新 kernel SPECS，创建 org-bable-execute:jupyter-LANG 方法
#+end_src

conda-env-activate 用来使 python 虚拟环境生效，需要安装 conda.el 包，当然这里你也可以用别的 elisp 包代替，比如 pyenv-mode, pyvenv。 org-babel-jupyter-aliases-from-kernelspecs 是 ob-jupyter 用来创建 org-bable-execute:jupyter-LANG 方法的。

Jupyter 在 python 虚拟环境中，project local IJulia 如何安装使之生效?

在终端执行 julia 进入 julia repl 环境，安装 IJulia

using Pkg
Pkg.activate("YOUR-IJULIA-PROJECT-PATH") # IJulia 安装在指定项目环境中
# https://julialang.github.io/IJulia.jl/stable/manual/installation/
ENV["JUPYTER"]="jupyter命令的路径" # 如果jupyter安装在虚拟环境中，需要给julia指定一个JUPYTER路径的环境变量
Pkg.add(["IJulia"])
using IJulia
Pkg.build("IJulia")

在终端启动 jupyter notebook 创建 julia 内核的 notebook，抛出错误信息：

Stacktrace:
[1] require(::Module, ::Symbol) at ./loading.jl:893
[2] include(::Function, ::Module, ::String) at ./Base.jl:380
[3] include(::Module, ::String) at ./Base.jl:368
[4] exec_options(::Base.JLOptions) at ./client.jl:296
[5] _start() at ./client.jl:506
in expression starting at /home/zsxh/.julia/packages/IJulia/a1SNk/src/kernel.jl:1
[I 12:13:43.229 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5), new random ports
ERROR: LoadError: ArgumentError: Package IJulia not found in current path:
- Run `import Pkg; Pkg.add("IJulia")` to install the IJulia package.

运行 jupyter 前，需要声明 JULIA_LOAD_PATH 环境变量，不然就会有以上错误信息。

export JULIA_LOAD_PATH="YOUR-IJULIA-PROJECT-PATH"

如果是在 Org-mode 中，则可以执行以下 org babel 代码块：

#+begin_src emacs-lisp
  (setenv "JULIA_LOAD_PATH" "YOUR-IJULIA-PROJECT-PATH")
#+end_src

参考

https://github.com/JuliaLang/julia/issues/29513